Awalnya, program transmigrasi dikhususkan untuk memindahkan penduduk dari Pulau Jawa, Madura, dan Bali yang memiliki persoalan kepadatan penduduk yang sangat tibgi. Namun, seiring dengan perkembangan pembangunan di daerah yang cukup pesat dan juga perimbangan keuangan antara pusat dan daerah melalui kebijakan otonomi daerah, pulau yang tadinya menjadi tujuan program transmigrasi telah berkembang dan harus dibatasi penerimaan transmigrasi nya. Hal ini sangat terasa dengan semakin tingginya kepadatan penduduk yang ditandai dengan luasnya pembukaan wilayah hutan untuk pemukiman, dll.

A. Tujuan Transmigrasi pada Era Reformasi

1. Meningkatkan kesejahteraan transmigran dan masyarakat sekitarnya.

2. Peningkatan dan pemerataan pembangunan daerah.

3. Memperkukuh kesatuan dan persatuan bangsa

B. Perlunya Lokasi Transmigrasi Baru

Pulau- pulau terpencil mungkin bisa dijadikan alternatif tujuan program transmigrasi, walaupun alternatif ini akan lebih banyak memakan biaya operasional nantinya. Namun, ini lebih baik daripada pemerintah memaksakan program transmigrasi untuk tetap dikirim ke pulau-pulau yang sama. Pemilihan lokasi transmigrasi juga harus berdasarkan asas kelestarian lingkungan hidup . Dari perkembangan program transmigrasi nasional yang telah berlangsung semenjak pemerintahan Orde Lama, dapat dilihat bahwa ada kesalahan dalam hal pemilihan lokasi transmigrasi.

Kawasan konservasi yang merupakan penyangga kehidupan makhluk hidup, sebisa mungkin dijauhkan dari lokasi transmigrasi. Selain itu pemerintah dan semua pihak yang terkait, harus menjalin kerja sama yang baik dan arif dalam menentukan pemilihan lokasi transmigrasi. Masyarakat lokal tempat tujuan transmigrasi akan dilakukan, harus diajak untuk berdialog dan menentukan kebijakan-kebijakan yang akan diterapkan di lokasi transmigrasi itu.

C. Pelaksanaan Transmigrasi Dewasa Ini

Program transmigrasi dewasa ini difokuskan pada upaya untuk mengurangi kemiskinan dan kepadatan penduduk di Pulau Jawa, memberikan kesempatan bagi orang yang mau bekerja, dan memenuhi kebutuhan tenaga kerja untuk mengolah sumber daya di pulau-pulau lain seperti Papua, Kalimantan, Sumatra, dan Sulawesi. Kritik mengatakan bahwa penierintah Indonesia berupaya memanfaatkan para transmigran untuk menggantikan populasi lokal dan untuk melemahkan gerakan separatis lokal. e. Menyumbang bagi penyelesaian masalah pengangguran dan kemiskinan. Transmigrasi tidak lagi merupakan program pemindahan penduduk, melainkan upaya untuk pengembangan wilayah. Metodenya tidak lagi bersifat sentralistik dan top down dari Jakarta, melainkan berdasarkan Kerja Sama Antar-Daerah pengirim transmigran, dengan daerah tujuan transmigrasi.

Jumlah keluarga yang ditransmigrasikan tahun 2006 hanya sebanyak 10.000-12.500 kepala keluarga , itu pun hanya KK yang berasal dari wilayah Jawa dan Bali. Dengan sedikitnya jumlah transmigran, pemerintah berharap bisa meningkatkan kualitas kehidupan transmigran.

Pada era reformasi terdapat perubahan pola dari program transmigrasi. Pola baru diatur sedemikian rupa agar kawasan transmigrasi yang dikembangkan sesuai dengan kemampuan dan keahlian yang dimiliki oleh calon transmigran di daerah asal. Misalnya transmigran asal pantura yang tadinya nelayan, akan ditempatkan di daerah transmigrasi untuk menjadi nelayan lagi.

D. Manfaat bagi Kehidupan Masa Kini

1. Dapat mengembangkan diri sesuai kebutuhan

2. Dapat meningkatkan daya serap masyarakat terhadap berbagai perkembangan yang ada

3. Memperkukuh persatuan dan kesatuan bangsa