Cerita dimulai saat sekolah Muhammadiyah terancam ditutup karena kurangnya jumlah siswa. Namun, penutupan tersebut dibatalkan karena pada saat-saat terakhir datang satu siswa bernama Harun yang akhirnya melengkapi syarat minimal jumlah siswa yakni sepuluh anak.

Novel ini memiliki tokoh utama para siswa di sekolah Muhammadiyah yakni Ikal, Lintang, Sahara, Mahar, A Kiong, Syahdan, Kucai, Borek, Trapani, dan Harun. Dikarenakan mereka senang memandangi pelangi, guru mereka yang bernama Bu Mus menyebutnya dengan kelompok “Laskar Pelangi”.

Mereka hidup dalam komunitas tambang di Belitung, di mana pendidikan hanya tersedia bagi anak-anak pegawai PN Timah yang memiliki pangkat. Fasilitas yang memadai pun hanya bisa diakses oleh orang-orang dengan kelas sosial tertentu.

Pada dasarnya, meskipun pulau Belitung kaya akan timah, ekonomi dan pendidikan di sana sangatlah tertinggal. Namun, anak-anak dari kelompok “Laskar Pelangi” ini tidak menyerah dan mempertahankan semangat belajar yang luar biasa.

Mereka berjuang untuk menjaga sekolah agar tetap beroperasi. Di tengah segala keterbatasan, mereka juga berupaya untuk menjadi berprestasi untuk membanggakan sekolah. Pencapaian mereka terlibat dalam beberapa momen, seperti penampilan tarian spektakuler karya Mahar dalam festival 17 Agustus dan kemenangan Lintang dalam lomba cerdas cermat.

Novel ini menekankan pesan yang kuat, yaitu bahwa kemiskinan bukanlah penanda ketidakmampuan. Dalam cerita ini, pendidikan menjadi kunci untuk mengatasi keterbatasan tersebut.

Laskar Pelangi menggambarkan kisah persahabatan yang dipenuhi tawa dan tangis. Dibalut dengan cerita persahabatan, termuat kisah mengharukan tentang kesulitan yang dialami ayah Lintang hingga memaksa “Einstein kecil” untuk putus sekolah.

Namun, kisah mereka dilanjutkan dua belas tahun kemudian, dengan pencapaian luar biasa yang membuat masing-masing anggota Laskar Pelangi berhasil mencapai impian mereka.